ב-12 ביולי 2006 פרצה מלחמת לבנון השנייה בעקבות חטיפת 2 חיילים והריגת 8 אחרים. במלחמה פעלו כוחות צה"ל כנגד תשתיות חיזבאללה בלבנון, פעילות שכללה גם פעולה קרקעית, בעיקר בגבול ישראל-לבנון, במרון א-ראס ובבינת ג'ביל. בשבועיים הראשונים לעימות, גדוד אסף של חיל ההנדסה הקרבית היה הגדוד המוביל בפעילות ההנדסית בדרום לבנון. אחר כך הצטרפו שאר הגדודים הסדירים (להב והמחץ) ועוד גדודי מילואים של הנדסה קרבית .