גדודי האב"כ הפיקודיים, הוקמו כחלק מהערכות צה"ל לאפשרות של הפעלת חומרי לחימה ביולוגיים וכימים על מדינת ישראל (בחזית ובערוף), בנוסף על יכולת לתת סיוע בעת אירועים אטומים ורדיולוגיים.
בשדה הקרב, תפקיד הגדודים הינו זיהוי וטיהור שטחים ומרחבים אשר נפגעו כתוצאה משימוש בחומרים כימים וביולוגים ובכך לאפשר את המשך רציפות הפעולה של כוחותינו כנגד האויב. כל גדוד מורכב מפלוגת סיור אחת שמשימתה איתור, גילוי וזיהוי חומרי הלחימה ושלוש פלוגות טיהור כבדות אשר משימתן לטהר מגוון אובייקטים שזוהמו.
לשם ביצוע המשימות משתמשים לוחמי האב"כ במגוון אמצעים ייחודיים עבור ביצוע טיהור צירי מעבר, טיהור רק"ם (רכב קרבי משוריין) ורכב שזוהם, החזרה לכשירות של כוח אדם שנפגע ועוד. משימות נוספות כוללות ביצוע תהליכי הערכת סיכונים, להבנת השפעת חומרי הלחימה על מרחב פעולת כוחותינו והוצאת דגימות לשם ניתוח החומרים וסיוע בהכנת המערכות המדיניות להמשך טיפול באירוע. כלל פעולות אלו מבוצעות תחת שימוש במיגון ייחודי המסייע לבודד את הלוחמים מפני החומרים הביולוגים והכימיים.
ככול גדודי המילואים של צה"ל, גם גדודי האב"כ עסקו בפעולות ביטחון שוטף במגוון גזרות ביניהם איו"ש, גבול ישראל מצריים ועוד.
גדודי האב"כ הוקמו במהלך שנת 2005 כחלק מרעיון לרכז את כלל מרכיבי האב"כ שהיו קיימים בגדודי ההנדסה, באוגדות ובאגדי הפיקודים. בתום התהליך הוקמו ארבע גדודים מרחבים במילואים (8011, 8012, 8023, 8034) וגדוד אב"כ סדיר אחד (76), במסגרת חיל ההנדסה הקרבית.
בשנת 2015 החלו צה"ל לממש את המלצות ועדת 'טסלר' אשר המליצה לצמצם את יכולות האב"כ לאור השתנות האיום באזור והקמת מסגרות ממוקדות לתחום זה. כיום לוחמי האב"כ בסדיר ובמילואים מהווים מוקדי ידע, בכל הקשור להתמודדות מדינת ישראל עם האפשרות שהאויב יבחר להשתמש בחומרי לחימה כימים או ביולוגים. אנשי האב"כ דואגים לשמור על כשירותם ולהתפתח כל העת למול האתגרים המשתנים בתחום זה ולהיות מוכנים לכל מצב.