הקמת אגדי הנדסה: ככלל מבצע חיל ההנדסה את משימותיו במסגרת גדודית. בעבר, במקרים בהם היו משימות הנדסיות בהיקף גדול המחייב הפעלת מספר כוחות גדודיים, הוקמו מפקדות זמניות של אגדי הנדסה לשליטה על המשימות.
מלחמת יום הכיפורים: לאחר סיום הקרבות, החל מבצע התבצרות ענק משני צדי תעלת סואץ. בצד המזרחי של התעלה, היה המאמץ העיקרי באזור החווה הסינית, מדרום למערך הארמיה המצרית השנייה. מאמץ דומה נעשה גם בצד המערבי של התעלה, מדרום לאיסמעיליה ובסביבת העיר סואץ ונמל עדבייה.
תחת הטרדות אש בלתי פוסקות של המצרים, השקיעו יחידות ההנדסה, מאמץ הנדסי אדיר שכלל הקמת גדרות ענק ושדות מוקשים בהיקף עצום. במקביל, עסקו יחידות הצמ''ה במגוון רחב של עבודות עפר שכללו הקמת עמדות וחפירות לטנקים ולרכב, פריצת דרכים וחפירת תעלות נ"ט לאורך עשרות קילומטרים.
לצורך התיאום והשליטה על מאמץ ההתבצרות העצום הוקמו שתי מפקדות אגדי הנדסה זמניות, אחת בגזרת הארמיה השנייה, ממזרח לתעלה והשנייה בצד המערבי של התעלה. לאחר חתימת הסכם הפרדת הכוחות בין הצבאות בינואר 1974, פיקדו המפקדות על פירוק המכשולים ושדות המוקשים והעברתם לקווי ההערכות החדשים.
מפקדות אגדי הנדסה קבועות: לאחר מלחמת יום הכיפורים הוקמו בשנת 1976, שתי מפקדות אגדי הנדסה קבועות בפיקוד הצפון (483) ופיקוד הדרום (484). אלה נוספו למפקדת בהל''צ 14, אשר יועדה לפעול במצבי חירום כמפקדת אגד הנדסה 490. במסגרת הקמת המפקדות נבחנה האפשרות להטיל עליהן פיקוד על מספר גדודי הנדסה בפעולות הבקעה ופריצת מכשולים, אך מגמה זו נבלמה, לאחר הבנת החשיבות להכפפת יחידות הנדסה לכוחות הפורצים ומפקדות האגדים הפכו למפקדות שליטה שתופעלנה בעת הצורך, בעיקר למשימות התבצרות ומכשול בקווי סיום הלחימה.
מלחמת לבנון הראשונה: במלחמת לבנון הראשונה שולב אגד ההנדסה הפיקודי 483 בהקמת גשר על נהר הליטני ובהמשך פעל תחת הגיס של האלוף יאנוש בן גל בגזרה המזרחית. לאחר סיום הקרבות קיבל האגד כמה גדודי מילואים למשימות הכשרת צירים, הקמת ביצורים ועמדות בקווי סיום הלחימה, והשמדת תשתיות מחבלים. הפעילות נעשתה ישירות מול מפקדת ההנדסה הפיקודית. בחודש יולי הוחלפה מפקדת האגד במפקדת אגד הנדסה 484 של פיקוד הדרום. גם אגד הנדסה 490 מבהל''צ גויס למלחמה ושימש כמפקדה לסיוע לפעולות מפקדת ההנדסה הפיקודית.
צמצום מפקדות אגדי ההנדסה: הצמדת גדודי ההנדסה לאוגדות ולחטיבות וההבנה שמפקדות האגדים דרושות בעיקר למשימות הנדסה גדולות בקווי סיום מלחמה, הביאה, בסוף שנות השמונים, להחלטה לצמצם את מספר המפקדות ולהשאיר אגד הנדסה אחד, בפיקוד הצפון. מפקדות האגדים של הפיקודים בוטלו. כ''א ממפקדת אגד בהל''צ, שולב עם כ''א מאגד צפון ובשנת 2002 בוצע אימון הקמה לאגד 490, בפיקוד הצפון. האגד משולב בתכנונים המבצעיים של הפיקוד.