האינתיפאדה הראשונה: האינתיפאדה הראשונה הייתה התקוממות אלימה של הפלסטינים בשטחי יהודה ושומרון וחבל עזה, בין בדצמבר 1987 לחתימת הסכמי אוסלו בשנת 1993. יחידות ההנדסה הסדירות שולבו בפעילות הביטחון השוטף, הריסת ואטימת מבנים, וטיפול במטענים, במלכודות ובמוקשים שהונחו על ידי המחבלים.
האינתיפאדה השנייה: האינתיפאדה השנייה, החלה בספטמבר 2000, כללה בעיקר פיגועי התאבדות, גרמה לאלפי נפגעים, מיתון בישראל ופגיעה בכלכלה הפלסטינית.
הפעילות ההנדסית כללה, במקרים רבים תחת אש, נטרול מטעני חבלה, פיצוץ בתים, השמדת מעבדות חבלה ופעולות לחימה נגד המחבלים. השימוש הרב במטענים ובמלכודות, הביא לשימוש גדל והולך בדחפורים D9 ממוגנים לפתיחת צירים לרק"ם, ניקוי זירות מטענים, חישוף והריסת בתי מחבלים וגילוי מנהרות. גדודי ההנדסה הסדירים 601 ,603 ו-605 פעלו בשטחי יהודה ושומרון. פלחה''ן גבעתי וצוות המנהרות של פיקוד הדרום פעלו ברצועת עזה. בפיקוד הדרום, נוסף למאפייני האינתיפאדה הטיפול במנהרות ההברחה בין רצועת עזה למצרים.
מבצע ''חומת מגן'' – מרץ עד מאי 2002: מבצע חומת מגן נחשב לשיאו של מאבק צה''ל בארגוני הטרור. היציאה למבצע, הייתה תגובה לפיגוע טרור במלון פארק בנתניה, בו נהרגו 30 אזרחים. מטרת המבצע: הריסת תשתיות הטרור ופגיעה במחבלים.
במבצע השתתפו 5 אוגדות וגויסו 20,000 חיילי מילואים. הכוחות נכנסו לערים ולכפרים שהפכו מקלט לטרוריסטים; עצרו מחבלים, תפסו והחרימו נשק ואמצעי לחימה, חשפו והשמידו מתקני טרור, מעבדות חבלה, מפעלי ייצור נשק ומתקני מסתור.
פעילות כוחות ההנדסה במבצע ''חומת מגן'': כוחות ההנדסה שפעלו במבצע כללו את הגדודים הסדירים – 601, 603, 605, גדוד המילואים 710 של אוגדה 340 ויחידת יהל''ם.
הפעילות כללה שילוב של פעילות חי''ר – אבטחת ישובים וצירי תנועה, לחימה בשטח בנוי, מעצרים, איתור מחבלים ואמצעי לחימה ופעילות הנדסית – איתור והשמדת מטענים ומלכודות, פריצה חמה למבנים, פיצוץ בתי מחבלים, איתור והשמדת מעבדות נפץ ובתי מלאכה לייצור אמל''ח. חלק גדול מהפעילות נעשה תחת אש מחבלים.
הפעלת צמ''ה כבד במבצע: להפעלת הדחפורים הממוגנים מסוג ד-9, הייתה השפעה עצומה על מהלך הקרבות. הדחפורים פילסו דרך לכלים המשוריינים, הרסו בנינים מהם נורתה אש והביאו במקרים רבים לכניעת המחבלים וקיצור משך פעולות הלחימה.
חיל ההנדסה, אשר זכה להערכה רבה על פעולתו במלחמת לבנון הראשונה, זכה לחיזוק נוסף במעמדו, במהלך אירועי האינתיפאדה השנייה ו''חומת מגן''.